SepaWin possède également un mode de fonctionnement multi-comptes qui permet de basculer facilement d'un compte bancaire source à un autre compte bancaire source.
Le choix du compte à utiliser, à partir d'une simple liste de choix, met à jour (sans ressaissie) le nom du compte, l'IBAN, le BIC (ainsi que l'ICS en mode prélèvement).
